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        蛋白質組學

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        蛋白質組學,糖基化蛋白質組學,多組學聯合分析
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        4D-Label free?標定定量蛋白質組學

        4D-Label free?標定定量蛋白質組學

        • 所屬分類:4D定量蛋白質組學
        • 瀏覽次數:
        • 發布日期:2023-06-08 15:32:10
        • 產品概述
        • 案例解析

        4D定量蛋?質組學是在傳統3D蛋?質組學的三個維度,即保留時間(retention time)、質荷?(m/z)和離?強度(intensity)的分離 基礎上,增加了第四個維度(Collision cross-section,肽段的碰撞截?積)盓 即離?淌度(ion mobility)的分離。根據肽段離?在飄移 管中與緩沖?體碰撞時的碰撞截?不同,可將離?按??形狀進?分離,從?降低樣本復雜度,進??幅度的提?掃描速度和檢測靈敏 度,帶來蛋?質組學在鑒定深度、檢測周期、定量準確性等性能上的?命性提升。其在蛋?質組學領域的強?功能和?泛應?前景,具有劃 時代的重?意義。

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        4D-labelfree蛋?質組學是基于4D tims TOF離?淌度平臺的?標記定量蛋?組學技術,通過數據依賴性采集-同步累積連續碎裂 (ddaPASEF)掃描模式進?差異定量蛋?質組學分析。該技術是對傳統Labelfree蛋?質組學的升級,實現蛋?質組學在覆蓋深度、靈敏 度、通量??的全?性提升。


        技術優勢

        1.基于timsTOF HT檢測平臺,更適?于微量樣本

        2.四維分離,蛋?鑒定度更?

        3.PASEF獨特的數據采集模式,實現超?掃描速度

        4.相對傳統Label free技術,鑒定深度更?


        應用領域

        1.疾病?物標志物與藥物作?靶點?通量分析

        2.藥物應答、基因敲除/過表達的蛋?表達譜分析

        3.植物、微?物??發育與脅迫逆境?理研究

        4.蛋?作?機制與特殊功能蛋?質篩選

        5.適合臨床微量樣本檢測,如:外泌體、FFPE?蠟切?、活檢穿刺組織等

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        線粒體通過氧化磷酸化( oxidative phosphorylation, OXPHOS) 過程以ATP的形式產生哺乳動物細胞所需的能量,OXPHOS包含五種復合體(complexes I-V [CI-CV]),它們在線粒體內膜上被獨立地定位或組裝成超級復合體(supercomplex,SCs),例如超級復合體I + III2 + IV,超級復合體III+ IV。線粒體呼吸體(超級復合體I + III2 + IV)的組裝途徑尚未完全了解。



        2021413日,溫州醫科大學呂建新教授團隊在Cell Reports雜志發表研究論文A membrane arm of mitochondrial complex I sufficient to promote respirasome formation”。研究顯示了早期的亞復合體I組件而非完整的復合體I就足以促進線粒體呼吸體組裝。且位于膜臂的PD-a模塊是推進超級復合體I+Ⅲ2+IV組裝的關鍵。

         


        復合體ICI)作為最大的呼吸鏈復合體,由14個核心亞基和31個非核心亞基組成。復合體I可以分為嵌入線粒體內膜的膜臂(又可分為PP-a、PP-b、PD-a、PD-b模塊)以及伸入線粒體基質的基質臂(又可分為N模塊和Q模塊)。


        結果速遞

        TIMMDC1的缺失導致呼吸體亞組裝體的積累

        TIMMDC1,也稱為C3orf1,被確定為CI的組裝因子,在CI的組裝過程,TIMMDC1介導PP-a模塊和PP-b模塊的組裝。研究人員利用HEK293T細胞構建兩種細胞模型,即TIMMDC1的完全KOKD。與對照組相比,TIMMDC1KOKD均導致細胞ATP含量顯著降低,并在TIMMDC1缺失的細胞模型中檢測到另一種未知復合體,復合體亞組裝體(Respirasome subcomplex,RS),分子量介于超級復合體I+Ⅲ2+IV和復合體I之間。

        1TIMMDC1的丟失導致呼吸體亞組裝體的積累


        RS包含復合體IPP-b模塊和PD-a模塊

        為了進一步闡明來自TIMMDC1缺失細胞的RSCI成分的作用,基于線粒體CI的最新蛋白質組學分析結果,用代表不同CI模塊的抗體免疫標記RS。利用非變性膠Blue Native PAGE技術和免疫印跡技術研究發現該復合體包含復合體IPP-b模塊,PD-a模塊,且只有部分CI模塊被組裝到RS上,其中PD-a模塊是RS的關鍵結構組成。


        2RS包含復合體IPP-b模塊和PD-a模塊


        RSTIMMDC1介導的呼吸體組裝的包含CIIICIV的中間體

        T

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