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        蛋白質組學

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        血漿蛋白質組學

        血漿蛋白質組學

        • 所屬分類:優勢蛋白質組學
        • 瀏覽次數:
        • 發布日期:2023-06-08 15:21:25
        • 產品概述
        • 案例解析

        ?液中含有?體所有器官釋放的各種不同分?,包括蛋?質、多肽、外泌體、核酸、脂質和代謝物。?液作為?種易于獲取、穩定、微創 的?物液體,被認為是評估?物標志物存在的理想來源。?液檢查可以揭??體的整體病理?理狀況,可?于疾病診斷、患者分層、監測和 指導治療等。


        ?漿蛋?組學作為尋找?物標志物的專業技術,具有更?的臨床轉化價值,與臨床化學參數具有很強的相關性。?清?漿均可?于蛋?質組學研究,?漿中豐富的蛋?質有?蛋?(約60%)、球蛋?(35%)、纖維蛋?原(4%)、脂蛋?(1%)和鐵結合/轉移蛋?(1%)。?液中有 22種?豐度蛋?約占?漿蛋?的99%,其余1%的?液蛋?由數千個低豐度的循環蛋?以及由活細胞、凋亡細胞和壞死細胞釋放的潛在?物標志物蛋?組成。由于?豐度蛋?的信號?擾,成分復雜的?液在篩選?物標志物時更具挑戰,低豐度的蛋?檢測往往需要跨越10- 12個濃度數量級的檢測挑戰。同時,質譜技術在?漿蛋?開放式研究中是強有?的發現技術。 

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        技術優勢

        1.靈敏度:優異的中低豐度蛋?富集能?,物質檢出率?傳統?法提升5倍,可涵蓋上百個FDA靶點

        2. 穩定性:樣品富集結果重復性好,定量相關性?

        3. ?偏性:準確度和精準度?,嚴格的摻?實驗得到對于  蛋?的定量具有?偏性

        4. 拓展性:不受物種限制,適?于各種體液類樣本


        應用領域

        1.開發診療?物標志物

        2.發掘治療新靶點

        3.研究藥物作??絡

        4.篩選藥物結合靶點

        5.發現脫靶效應位點

        6.藥物伴隨診斷

        7.精準醫療


        實驗路線:

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        神經元和星形膠質細胞衍生的外泌體已被確定為篩選阿爾茨海默?。ˋD)生物標志物的最佳來源。然而,很少有研究關注從AD患者血漿中分離的大量外泌體。今天就和大家分享一篇國人佳作,首都醫科大學宣武醫院賈龍飛團隊利用蛋白質組學技術篩查大量血漿外泌體內的蛋白質是否可以作為AD診斷的新型生物標志物。非常榮幸其中非標蛋白質組學以及靶向蛋白驗證部分由青蓮提供技術支持。


        該研究成果于2022年12月5日發表在Alzheimer's Research & Therapy(IF=8.823 )雜志題為“Proteomic profling ofcirculating  plasma exosomes reveals novel biomarkers of Alzheimer’s disease”。利用非標記定量蛋白組學和平行反應監測技術探討AD患者組和健康對照組循環血漿外泌體的蛋白質組學特征,并確定其診斷能力。

        研究思路



        研究成果

        01

        外泌體收集及外泌體表征

        研究人員利用超速離心法獲得血漿外泌體,外泌體樣品通過透射電子顯微鏡(TEM)鑒定并展示了來自AD患者(圖1A)和健康對照的外泌體代表性TEM圖像。蛋白質免疫印記分析顯示外泌體標記蛋白Alix在外泌體樣品中高表達,而上清液中的標記物為陰性(圖1B)。這些結果表明,已從血液樣品中成功收集了外泌體。檢測了所有樣本中CD9、CD63和CD81(圖1C-E)的水平,在AD患者和對照組之間未檢測到顯著差異。

        圖1:通過TEM、蛋白質印記、CD9、CD63和CD81表征外泌體


        02

        血漿外泌體差異表達蛋白的確定

        利用非標記定量蛋白組學技術從AD患者組和對照組的血液中一共定量到328種外泌體蛋白。根據差異倍數≥1.2或≤0.80,與對照組相比,AD組中15種蛋白質顯著上調,16種蛋白質顯著下調。與對照組相比,AD組中檢測到的31種差異蛋白質的表達水平如圖2所示。

         圖2:外泌體差異蛋白熱圖


        利用PRM技術以驗證AD患者組和對照組之間差異表達的31種蛋白質。7個上調蛋白(C1QC、CO9、CFAH、KVD30、GP1BB、RSU1、A0A0G2JRQ6)5個下調蛋白(A2MG、ADA10、A1AG2、IGHA1、HV428)在隊列2中顯著差異表達。緊接著對12種蛋白質進行了生物信息學分析。GO分析顯示大多數蛋白質參與免疫系統和蛋白質級聯激活的調節,并在不同的細胞過程中作為結合分子發揮作用,大多數蛋白質定位于細胞外空間和細胞外囊泡(如圖3)。KEGG分析結果顯示富集的通路與晚發性AD和大腦淀粉樣血管病有關。

        圖3:12個差異蛋白的GO富集分析

        03

        外泌體蛋白診斷組合

        研究人員使用診斷(AD與對照)作為因變量,12種蛋白質作為協變量,開發了邏輯模型來評估上述12種蛋白質的功能以區分AD患者組與對照組。在調整年齡、性別、教育年限和APOEε4狀態后,發現一組共六種蛋白質(上調:A0A0G2JRQ6、C1QC、CO9、GP1BB和RSU1;下調:ADA10)與AD相關。為了確定六種蛋白組合的診斷能力,通過ROC曲線分析進一步評估了邏輯模型的預測值。結果表明,六種蛋白組合顯示出極好的AD診斷能力,曲線下面積(AUC = 0.978,P<0.001)(圖4A)明顯高于單個蛋白質(AUC = 0.627–0.774),(圖4B)表明六種蛋白質的組合對于獲得有效診斷是必要的。

         圖4:六種蛋白組合以及單個蛋白獨立的ROC分析

        總之,研究結果表明一組由六種外泌體蛋白構成的組合是AD潛在的血液生物標志物。該研究為理解AD提供了更多的見解,并表明循環血漿外泌體的蛋白質組分析可能有助于AD診斷,值得在獨立隊列中進一步驗證。


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