生物信息學是一門正在迅速興起的交叉學科，位于生物學、計算機科學、數學等多個研究領域的交叉點上。蛋白質組生物信息學是蛋白質組學研究中不可或缺的分析工具，通過凝膠電泳、質譜等技術產生的海量數據必須依靠生物信息學進行分析處理。此外，從龐雜的實驗數據中提取對生物學研究有意義的信息也是蛋白質組生物信息學的主要功能。

常用凝膠圖像識別及分析軟件

PDQUEST 7.0     Decyder  2D(GE)

常用質譜數據分析軟件

Proteome Discoverer MaxQuant

常用數據庫

NCBInr；Swiss-Prot；TrEMBL；PPI；GO(GENE ONTOLOGY)；KEGG；STRING

數據分析項目匯總

聚類熱圖及差異蛋白篩選

功能分析

數據集交蓋度分析

理化性質分析